ریشه اولین بخشی است که از دانه خارج می شود و با رشد خود گیاه را در خاک نگه داشته و مواد مورد نیازش را جذب می کند. در برخی از گیاهان مثل هویج، ترب و شلغم، ریشه محل ذخیره مواد غذایی می باشد.گیاهان دارای انواع متفاوتی از ریشه ها هستند. بسیاری از گیاهان دولپه‌ای دارای سیستم ریشه ای اصلی می‌باشند اما گیاهان تک‌لپه‌ای معمولا ریشه‌های افشان دارند. به غیر ریشه های اصلی گیاهان ریشه های دیگری نیز تولید می‌کنند.
انواع ریشه گیاهان
هنگامی که دانه رویش می‌کند، اولین عضوی که بر روی پوست دانه ظاهر می‌شود، راس ریشه (Root tip) است که ریشه‌چه، نیز نامیده می‌شود. ریشه‌چه در اثر طویل شدن محور زیر لپه و امتداد آن ریشه‌ی اولیه را به‌وجود می‌آورد، که به‌زودی منشعب می‌شود و ریشه‌های ثانویه را ایجاد می‌کند. ریشه‌های اولیه (Primary root) در گیاهان گلدار دولپه‌ای معمولا از ریشه‌های ثانویه بزرگ‌ترند و ریشه‌ی اصلی (Tap root) نامیده می‌شوند. به این طرز ریشه‌بندی سبک یا سیستم ریشه‌ی اصلی و به ریشه‌های کوچک ریشک یا ریشه‌چه (Rootlet) می‌گویند.
انواع سیستم ریشه ای گیاهان
ریشه های غده ای یا ریشه های ذخیره‌ای (Storage roots)
اغلب در ریشه‌های افشانی مثل کوکب (Dahlia spp) یا زنبق، ریشه ضخیم و حاوی بافت ذخیره‌ای است. به این سیستم ریشه های ذخیره‌ای، سیستم ریشه های گروهی یا دسته‌ای (Fascicled root system) نیز می‌گویند. بخش ذخیره‌ای ممکن است کروی، مانند بعضی اقسام چغندر؛ فرفره‌ای یا شلغمی، مانند شلغم؛ دوکی شکل مانند سیب‌زمینی شیرین؛ یا واژ مخروطی، مانند هویج باشد.
سیستم ریشه‌ای افشان
سیستم ریشه‌ای در گیاهان تک لپه‌ایها و نهانزادان آوندی از نوع نابجا Adventitious. Root می‌باشد. در این گیاهان ریشه اولیه مدت زمان کوتاهی فعالیت دارد، بلافاصله ریشه‌های نابجا از گرههای پایین ساقه ، تولید می‌شوند. این ریشه‌ها تقریبا یک سیستم یکنواخت ، تشکیل می‌دهند که این سیستم ، سیستم ریشه افشان fibrius root System می‌گویند. این ریشه‌ها رشد ثانویه ندارند و معمولا در لایه‌های سطحی زمین نفوذ می‌کنند. و تفاوتی از لحاظ ظاهری بین ریشه‌های اولیه و ثانویه وجود ندارد.
ریشه‌های انگلی (Roots of parasites)
بعضی از گیاهان با ایجاد شاخه های زرد و نازک و ضعیف بر روی گیاهان دیگر به صورت انگل زندگی می‌کنند، مانند گیاهان بدون برگ «سس» (Cuscuta spp). این گیاهان ریشه‌های نا‌به‌جایی ایجاد می‌کنند که در ساقه یا شاخه ی گیاه میزبان فرو می‌روند و آب و غذا از آن می‌گیرند. این نوع ریشه ها ریشه های مکنده (Haustorium) نامیده می‌شوند. به طور کلی به طرز قرار گرفتن ریشه و آرایش آنها Rhizotaxis و عدم وجود ریشه را Arhizous می‌گویند.
ریشه های نابه جا
ریشه های نابه جا به آن دسته گفته می شود که از رشد گیاهک دانه به وجود نمی آیند بلکه از برگ یا ساقه تولید می شوند.این نوع ممکن است در اثر قرار گرفتن برخی شاخه های گیاهان در خاک مرطوب ایجاد گردند.از جمله انواع ریشه های نابه جا، نوع تکیه گاهی (Prop or stilt roots) است که به طور معمولاز محل پایین ترین گره یا مفصل ساقه خارج می شود. این نوع نابه جا کمک موثری به نگهداری گیاه خواهند کرد.
سیستم ریشه‌ای راست
اولین ریشه که در جنین دانه ساخته می‌شود. ریشه‌چه ، رادیکال یا Rootlet گفته می‌شود. این ریشه ، ریشه اولیه یا اصلی در بازدانگان و اکثر دو لپه‌ایها می‌باشد. به این نوع ریشه که نسبت به ریشه‌های فرعی درشت‌تر است، سیستم ریشه راست یا Tap root گفته می‌شود. در این گیاهان ریشه اولیه در طول زندگی گیاه ، باقی می‌ماند و تولید ریشه‌های جانبی می‌کند. ریشه‌های درشت رشد ثانویه دارند و جذب مواد از خاک توسط ریشه‌های جوان صورت می‌گیرد. این ریشه‌ها تا عمق زیاد خاک ، نفوذ می‌کنند.
ریشه های هوایی (Aerial roots)
بعضی از گیاهان در مناطق مرطوب و یا گرم و مرطوب می‌توانند ریشه‌های هوایی ایجاد کنند؛ که به همین نام خوانده می‌شوند. مانند گیاه انجیر معابد (Ficus religiosa). ریشه‌های بالارونده (Climbing root) نیز از انواع ریشه‌های هوایی هستند که در انواع عشقه‌ها دیده می‌شوند. ریشه های تنفسی (Pnematophore or Respiratory roots) که خاص گیاهان باتلاقی مانند چندل و حرّا هستند نیز از انواع ریشه‌های هوایی محسوب می‌شوند.
ریشه های آبزی
ریشه هایی که در گیاهان آبی یافت می شوند، ریشه های آبزی هستند. این ریشه ها بدون کلاهک و تار های کشنده هستند.